物語の舞台は、ユニコーンやペガサスなどのポニーたちが暮らす世界・エクエストリア。主人公のトワイライトスパークルは王都キャンタロット出身のユニコーンで、博学で真面目な優等生。そんな彼女は、女王・プリンセスセレスティア様から『勉強ばかりしていないで、友情について学びなさい』という命を受け、ベビードラゴンのスパイクをお供に、田舎の町ポニービルにやって来ます。そこで出会うのは個性豊かなポニーたち。ハイテンションで周りを笑わせるのが大好きなピンキーパイ、自信たっぷりな音速のペガサス・レインボーダッシュ。アップルジャックは家族でりんご園を運営する働き者、ラリティは美人でおしゃれ大好きなデザイナー。恐がりで恥ずかしがりのフラッターシャイは小さな動物のお世話をするのが得意。友達関係を築くのが苦手なトワイライトは新しい出会いに戸惑いつつも、友達と一緒に、友情の魔法を学んでいくことになったのです。
