エルフェンリート 二角奇人（ディクロニウス）は、人間の突然変異体･･････頭から生えた角を持ち、第6感とも言える特殊な能力と手を持っていた。人類を淘汰する可能性をも秘めた彼らミュータントたちは、その危険な能力のため、国家施設に隔離、研究されていた。しかし、偶発的事故により、ディクロニウスの少女ルーシーは拘束を破り、警備員らを殺戮、研究所を逃げ出す。が、その途中で記憶喪失となってしまう。過去と記憶を無くしたルーシーは、鎌倉・由比が浜に流れ着くが、その浜辺でコウタとユカに出会い、「にゅう」と名付けられ、コウタの住む楓荘に居候することになる･･････。