ワールドトリガー the Stage 人口28万人が暮らす都市・三門市に、ある日突然、異次元へ繋がる門（ゲート）が開く。 異次元からの侵略者によって街は蹂躙され、人々は恐怖に包まれた。 だが、これに対抗する組織・界境防衛機関「ボーダー」の登場により事態は鎮静化された。 それから４年――。門（ゲート）は開き続け、依然として襲撃はあるものの、 「ボーダー」の活躍により日常生活を取り戻した人々は、時折届いてくる爆音や閃光に慣れてしまっていた……。 三門市の中学校に通う三雲 修と、 謎の転校生・空閑遊真が出会い、物語は動き出す。