対話不能の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。
人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道（たにかぜながて）は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人（もりと）の操縦士訓練生となる。仮象訓練で培った類まれなる能力により、シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、奇居子との激戦の中で戦友・星白閑（ほしじろしずか）を失ってしまう。
そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾（べにすずめ）をはじめとする奇居子の猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、奇居子の巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。

原作：弐瓶勉（講談社『アフタヌーン』連載）
監督：瀬下寛之
副監督：安藤裕章、吉平直弘
シリーズ構成・脚本：村井さだゆき
プロダクションデザイナー：田中直哉
造形監督：片塰満則
キャラクターデザイナー：森山佑樹
CGスーパーバイザー：上本雅之、菅井進
バトルアニマティクス：大串映二
ストーリーボード：森田宏幸
音響監督：岩浪美和
音響制作：STUDIO MAUSU
音楽：朝倉紀行
音楽制作：スターチャイルドレコード
特別協力：静野孔文
アニメーション制作： ポリゴン・ピクチュアズ
製作： 東亜重工動画制作局

谷風長道：逢坂良太
白羽衣つむぎ：洲崎綾
科戸瀬イザナ：豊崎愛生
緑川纈：金元寿子
岐神海苔夫：櫻井孝宏
岐神海蘊：佐倉綾音
仄姉妹：喜多村英梨
小林艦長：大原さやか
勢威一郎： 坪井智浩
落合：子安武人
ヒ山ララァ： 新井里美
サマリ・イッタン：田中敦子
佐々木：本田貴子
弦打：鳥海浩輔
丹波新輔：阪脩