劇場版STEINS;GATE負荷領域のデジャヴ 「狂気のマッドサイエンティスト」を自称し、いまだ厨二病をひきずる大学生・岡部倫太郎。彼とその仲間たちは偶然、過去へと送信できるメール「Dメール」を発明してしまう。それが引き起こすのは、何度過去改変（世界線の移動）をしても訪れる、仲間の死という残酷な未来だった…。絶望に打ちひしがれる岡部に差すひとすじの光、それは誰も死ぬことのない未来、「シュタインズ･ゲート」と呼ばれる世界線。時間軸を超えて絡まりあった謎を解き明かし、ついに「シュタインズ･ゲート」に辿り着いた岡部。しかしいくつもの世界線を超えた岡部の脳には、多大な“負荷”がかかり始めていた…。

対魔導学園35試験小隊 強大な魔法で人々を恐怖に陥れた「魔女」たちと、人類の間で繰り広げられた「魔女狩り戦争」が終結してから150年。 残存する魔導の脅威を取り締まる「異端審問官」の育成機関「対魔導学園」では、今日も若き志願者たちが訓練に励んでいた。 剣では誰にも負けない腕前を持つ草薙タケルもまた、対魔導学園に通う生徒のひとり。 しかし武力の頂点は、剣から魔法、そして銃へと移り、彼が振るう“剣”はすでに時代遅れのものとなっていた。 絶望的に銃の才能に欠けるタケルが隊長を務める「35試験小隊」、通称「雑魚小隊」は、彼を含め、劣等生たちの寄せ集め部隊。 そんな小隊にある日、元異端審問官である夕焼け色の髪を持つ少女・鳳桜花が入隊することに。 魔女に対し異常なほどの憎しみを抱えた彼女との出会いを機に、35小隊の運命の歯車は大きく回り始める……。 「あなたは目的のためならば大切なものを捨てられますか？」 突きつけられる“瑠璃色”の問い。 魔女、死霊術師、錬金術師、魔導遺産……、世界を巻き込む様々な脅威に立ち向かっていく“最弱”の雑魚小隊。 それぞれに“秘密”を背負い出会った問題児たちの歩む道とは…！？