魔法科高校の優等生 ──魔法。 それが現実の技術となってから一世紀弱。 魔法を保持・行使する「魔法師」の育成機関、通称「魔法科高校」。 若い才能たちが日々研鑽に励むこの学園に今春、とある少女が入学する。 才色兼備で完全無欠な優等生──彼女の名は、司波深雪。 共に入学した兄・達也との仲睦まじいスクールライフを夢見ていた深雪だったが 彼女の前には「一科生」と「二科生」───優等生と劣等生の壁がたちはだかり……? 優等生の妹、劣等生の兄。 個性豊かなクラスメイトやライバルたちと繰り広げられる 青春スクールマギクス、ここに開幕！ お兄様、今度は深雪が主役です。

とある科学の一方通行 東京西部に位置する巨大な『学園都市』。 総人口230万人を数え、その約８割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力レベル０』から『超能力レベル５』までの六段階で評価されていた。 そんな学園都市で、能力者たちの頂点に君臨する最強の能力者・アクセラレータ。 ７人しかいない『超能力者』の中でも、飛び抜けた能力を誇る第一位は、その力ゆえに殺伐とした日常を送っていた。繰り返される常軌を逸した『実験』と、絶対的な力を求めた末に経験した敗北。その先に待っていた、とある少女――ラストオーダーとの出会いによって、運命が大きく変わることになる。 最強にして最凶の『悪』 ――アクセラレータが、 学園都市の『闇』をなぎ払う!!