機動戦士ガンダムSEED FREEDOM C.E.75、戦いはまだ続いていた。 独立運動、ブルーコスモスによる侵攻…… 事態を沈静化するべく、ラクスを初代総裁とする 世界平和監視機構・コンパスが創設され、 キラたちはその一員として各地の戦闘に介入する。 そんな折、新興国・ファウンデーション王国から、 ブルーコスモス本拠地への合同作戦を提案される。

俺を好きなのはお前だけかよ ここで質問。もしも、気になる子からデートに誘われたらどうする？ しかもお相手は一人じゃなく、クール系美人・コスモス先輩と可愛い系幼なじみ・ひまわりの二大美少女!! もちろん、意気揚々と待ち合わせに向かうよね。そしてそこで告げられた『想い』とは――― ……「俺じゃないヤツが好き」っていう『恋愛相談』だった。ハハハ。 ……やめだ！やめやめ！『鈍感系無害キャラ』から、つい本来の俺に戻ってしまった。 でも、俺はここでへこたれない。恋愛相談に乗れば、俺を好きになってくれるかもしれないからな！ そんな俺の悲しい孤軍奮闘っぷりを、傍で見つめる少女がいた。三つ編みメガネの陰気な少女・パンジーこと三色院董子。 俺はコイツが嫌いです。なのに……俺を好きなのはお前だけかよ！！ 鈍感クール系巻き込まれ型主人公（？）と個性的な華々しいガールズの 学園青春イチャラブ（？）コメディー、ここに始まる！？

双星の陰陽師 現代の裏側に存在する禍野（まがの）には異形の化け物「ケガレ」が巣食う。それを祓い清め、人々を守るのが陰陽師である。 才能がありながらも陰陽師になることを拒む焔魔堂（えんまどう）ろくろは神託により陰陽師の夫婦に与えられる「双星（そうせい）」の称号を得る。 同じく双星となった化野紅緒（あだしのべにお）は全てのケガレを祓うことを理想に掲げる少女であった。 双星として戦いに巻き込まれていく中で、強くなりたいと真に願い戦い続ける紅緒を目の当たりにしたろくろは、「雛月の悲劇（ひいなつきのひげき）」以降戦うことから逃げ続けていた自分の弱さと向き合う様になる。 紅緒に刺激され目を逸らし続けていた過去と向き合ったろくろは再び陰陽師として戦うことを決意し、二人は共に「双星の陰陽師」として強大なケガレへと立ち向かう！