メガトン級ムサシ シーズン2 飛行するシェルター『イクシア』は、異星勢力ドラクターへの反撃のため、 伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。 一方、シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。 そこで、アーシェムは苦境に負けず強く生きる人々に出会い、 二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める…。 地球人と異星人、ひとりひとりの想いが交錯し、 新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。 ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。 そして、シェルターイクシアを待ち受ける現実…。 更に巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。

聖†コダマリア†幼稚園 ただひたすら、児玉卓也がゲストを子ども扱いするための聖域(サンクチュアリ)…その名も「聖†コダマリア†幼稚園」今宵も扉が開かれる…