ヱヴァンゲリヲン新劇場版：Q アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。 　ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。

新世紀エヴァンゲリオン劇場版　Air／まごころを、君に TV版のもう一つの結末として描かれた劇場版完結編。TV版の第弐拾伍話と最終話のリメイク作にあたる2話で構成。第25話「Air」人為的なサードインパクトに失敗したゼーレはネルフに攻撃を仕掛けてきた。絶望的状況の中、母の存在、自己の存在を確認したアスカが復活、反撃を開始。しかし、天空より新たな敵が舞い降りてきた。第26話「まごころを、君に」初号機に搭乗したシンジの見たモノは、無惨な残骸となったアスカの弐号機だった。量産機が初号機を取り巻き、厳粛なる儀式を執り行う。ヒトの心の補完とは、一体何なのか。