舞台「青の祓魔師」京都紅蓮篇 魔神（サタン）の血を引く少年・奥村燐は祓魔師（エクソシスト）である弟・雪男の指導の下、祓魔塾で仲間達と訓練に励んでいる。ある時、聖十字学園最深部に封印されていた「不浄王の左目」が奪われる。さらに京都出張所に封印されている「不浄王の右目」も何者かの襲撃を受け、燐たち祓魔塾生は霧隠シュラを隊長に増援部隊として京都へ向かう。犯人の目的は、江戸時代に数万人を殺したという悪魔「不浄王」の復活だった───！かつてない危機に陥った京都を救うことができるのか!?

舞台「青の祓魔師」島根イルミナティ篇 正十字学園祭のさなか、啓明結社イルミナティの総帥ルシフェルが突如現れる。光の王ルシフェルは、魔神を復活させ物質界と虚無界をひとつにすることを目論み、正十字騎士團に宣戦布告。そして出雲がイルミナティのとある「計画」のために連れ去られてしまう。雪男を隊長とする救出班は出雲が捕らわれている島根県へと向かうが、そこで目の当たりにする壮絶な真実とは…!?