鋼の錬金術師 エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。 しかし錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。 己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。 エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。 右手と左足を鋼の義肢「機械鎧（オートメイル）」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ･･･。