舞台「憂国のモリアーティ」 時は19世紀末。古くから続く完全階級制度により、上流階級の者たちに支配された大英帝国。モリアーティ伯爵家の3兄弟は、新たな領主としてダラムの街へ移り住むが、この地にも根深い差別意識が生み出す“悪”が蔓延っていた。ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、犯罪相談役（ルビ：クライムコンサルタント）として、腐敗に満ちた社会に変革をもたらしていく――。 ロンドンの探偵シャーロック・ホームズは、アイリーン・アドラーという女性の調査を依頼される。一方、シャーロックの兄マイクロフトは、アイリーンが手に入れた機密文書の奪還と彼女の抹殺をアルバートに命じる。国家を揺るがす文書と謎多き女アイリーンの存在が、犯罪を仕立てるウィリアムと、犯罪を暴くシャーロックの運命を近づけていく……！

BEM 湾港都市「リブラシティ」。 政治・経済・文化の中心であり、街の“富”が結集した「アッパーサイド」と、汚職や犯罪に溢れ、人々がお互いを疑い合わざるを得ない「アウドサイド」、その両エリアを分かつ巨大な運河と、一本の「橋」。 これらにより構成される、まさに人間の“差別意識”が顕在化した様な街である。 そんな「アッパー」から「アウドサイド」に赴任してきた、若き女性刑事・ソニアは、数々の事件を追う中で、人間を守るために戦う、醜い姿の3人と出会う。 彼らは一体何者なのか・・・？ 妖怪人間3人は、それぞれの思いを抱えながら、正体を隠し生きていた。 人間に仇為す悪を倒すことで、人間になろうとする「ベム」、人間に憧れ、人間と同じ学校に通い、人間を理解することで、人間になることを目指す「ベラ」、人間や世間に達観し、冷めた様子でゲームの世界に没頭する「ベロ」。 彼らはいくつもの事件や、人間たちとの触れ合いの中で、傷つき、悩む。 人間のために戦っても、その醜い姿から、決して人間に受け入れられることはない…。 そんな3人を探す1人の存在がいる。 リブラシティを裏で牛耳る「見えざる議会」を操り、ベムたちを確保しようとする彼女の目的は果たして？