擾乱 時は明治64年。 舞台は94歳の徳川慶喜が絶対権力を維持し続けている日本。 街は明治時代の文化の色を残しつつも、 科学技術と陰陽道の発展が進み近未来的な雰囲気を醸し出していた。 しかし、きらびやかな街の裏には、慶喜暗殺すなわち体制の崩壊を目論んでいる輩 〜反体制派組織・クチナワ〜が影を潜めていた。 その駆除を任されたのは、政府の闇の処刑人組織『鵺（ぬえ）』。 鵺に所属する雪村咲羽（ゆきむらさわ）は幼い頃、クチナワの首領に家族を殺害され、 家族の仇を討つことを目的に生きていた。

BAKUMATSU 時は幕末。日の本の未来を憂い、各々の信念に従い突き進む志士たちが魂を燃やす時代。長州の風雲児・高杉晋作は、相棒の桂小五郎とともに徳川慶喜率いる幕府海軍船に潜り込もうとしていた。目指すは「刻(とき)を操る力」があるという伝説の秘宝、“時辰儀(じしんぎ)”。他ならぬ幕府がその力を我が物にせんとしていると耳にした高杉は『そんなやり方、つまんねぇ！』と時辰儀の破壊を企てる。一度は時辰儀を手にする高杉らだったが何者かに奪われ、追って向かうは慶喜のいる京の都。だが、そこで目にしたのは異様な姿で君臨する“巨城スサノオ”だった。自分たちが知る様相とは全く異なる町並み、民たちの様子に戸惑う高杉たち。そこは、仮面の将軍・無限斎(むげんさい)に支配された、「もう一つの幕末(BAKUMATSU)」だった。本当に守りたいものは、刻を超えても変わらない――。熱き志を持った男たちによる全力の“イキザマ”を描く物語が今、幕を開ける！