シン・エヴァンゲリオン劇場版 新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

おおかみかくし 16歳の少年 九澄博士（くずみ・ひろし） は、都心から離れた山間にあるニュータウン 嫦娥町（じょうがまち）で暮らすこととなっ た。 河川が“旧市街“と”新市街“を分断する この町は、今もまだ謎に包まれた土地文化や 風習が数多く残っている。取り立てて目立つ 存在ではなかった博士をクラスメイトはあり 得ないぐらい気にかけてくれる。そんな環境 に戸惑いつつも新しい生活を楽しむ博士だ が、ただ１人、クラス委員を務める櫛名田眠 （くしなだ・ねむる）だけが明らかに博士と 距離を置いているのが気がかりだった。数少 ない接触の中で、彼女は博士に忠告する。 「旧市街には近づかないように」そこに何が あるのか？・・・そして恐怖と謎が交錯する。