ワールドトリガー the Stage 人口28万人が暮らす都市・三門市に、ある日突然、異次元へ繋がる門（ゲート）が開く。 異次元からの侵略者によって街は蹂躙され、人々は恐怖に包まれた。 だが、これに対抗する組織・界境防衛機関「ボーダー」の登場により事態は鎮静化された。 それから４年――。門（ゲート）は開き続け、依然として襲撃はあるものの、 「ボーダー」の活躍により日常生活を取り戻した人々は、時折届いてくる爆音や閃光に慣れてしまっていた……。 三門市の中学校に通う三雲 修と、 謎の転校生・空閑遊真が出会い、物語は動き出す。

舞台「憂国のモリアーティ」 時は19世紀末。古くから続く完全階級制度により、上流階級の者たちに支配された大英帝国。モリアーティ伯爵家の3兄弟は、新たな領主としてダラムの街へ移り住むが、この地にも根深い差別意識が生み出す“悪”が蔓延っていた。ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、犯罪相談役（ルビ：クライムコンサルタント）として、腐敗に満ちた社会に変革をもたらしていく――。 ロンドンの探偵シャーロック・ホームズは、アイリーン・アドラーという女性の調査を依頼される。一方、シャーロックの兄マイクロフトは、アイリーンが手に入れた機密文書の奪還と彼女の抹殺をアルバートに命じる。国家を揺るがす文書と謎多き女アイリーンの存在が、犯罪を仕立てるウィリアムと、犯罪を暴くシャーロックの運命を近づけていく……！