フルメタル・パニック！ Invisible Victory 敵＜アマルガム＞のガウルン、ゲイツといった強敵を倒し、いつもの平和な日常が戻った「陣代高校」。 しかし、そんな日々は長くは続かなかった・・・。 失態続きの＜アマルガム＞は、本気で相良宗介たちに襲いかかってくる。 世界各地の＜ミスリル＞の基地が強襲される！ テッサ率いるトゥアハー・デ・ダナンが格納されている「メリダ島」もたくさんのミサイル、アームスレイブによって攻撃される。 一方、日本の宗介、かなめにも魔の手が追っていた！！ 再び、宗介、かなめ、テッサたちに試練が訪れる！！！

輪廻のラグランジェ season2 鴨川上空での戦いから数ヶ月後。地球から遠く離れたポリヘドロン宙域・レ・ガリテでは、ディセ ルマイン の監視の下、ランがウォクス・リンファを使用した実験に参加していた。その最中、デ・メトリオ 軍の奇襲 を受ける実験施設。その部隊の中にはウォクス・イグニスの姿があった。 そして地球日本――レ・ガリテやデ・メトリオなどポリヘドロンの各国家をまじえた宇宙規模の国 際会議が 行われることに沸き立つ千葉鴨川では、高校三年に進級したまどかが、自分の進路を決めかねたま ま、ラン とムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。 その頃、国際会議のために鴨川に近づくファロスにウォクス・イグニスが接近中との報が入る。ま どかは「 ムギナミが帰ってきた！」と喜ぶが……