SHUFFLE! 人間が住む｢人間界｣と神族が住む｢神界｣、そして魔族が住む｢魔界｣と3つの世界が突如つながり、人間界に｢魔法｣がもたらされてから10年・・・・・。土見稟は｢国立バーベナ学園｣に通う高校2年生。幼馴染みの芙蓉楓や悪友の緑葉樹らとともに楽しい学園生活を送っていた。そんなある日、稟のクラスに神族と魔族の美少女2人が転校してきたのだ!しかも彼女達はなんと・・・・・神王と魔王それぞれの王女様だった!?

美少女戦士セーラームーンR ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！ 魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十郞と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は!?　さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる!! 大ヒットした『美少女戦士セーラームーン』の後を受けて、1933年の３月から放送開始した第二期シリーズ。前半の47話から59話までが「魔界樹編」、後半が「ブラックムーン編」の２部構成。とくに「ブラックムーン編」では、後にメインキャラクターとなるちびうさが初登場。さらにセーラープルートの登場は、５人以外のセーラー戦士の存在をはじめて明かして、その後のシリーズ化への大きな布石となった。