機動戦士ガンダムSEED FREEDOM C.E.75、戦いはまだ続いていた。 独立運動、ブルーコスモスによる侵攻…… 事態を沈静化するべく、ラクスを初代総裁とする 世界平和監視機構・コンパスが創設され、 キラたちはその一員として各地の戦闘に介入する。 そんな折、新興国・ファウンデーション王国から、 ブルーコスモス本拠地への合同作戦を提案される。