ワールドトリガー the Stage 人口28万人が暮らす都市・三門市に、ある日突然、異次元へ繋がる門（ゲート）が開く。 異次元からの侵略者によって街は蹂躙され、人々は恐怖に包まれた。 だが、これに対抗する組織・界境防衛機関「ボーダー」の登場により事態は鎮静化された。 それから４年――。門（ゲート）は開き続け、依然として襲撃はあるものの、 「ボーダー」の活躍により日常生活を取り戻した人々は、時折届いてくる爆音や閃光に慣れてしまっていた……。 三門市の中学校に通う三雲 修と、 謎の転校生・空閑遊真が出会い、物語は動き出す。

ワールドトリガー 三門市。人口28万人。 ある日この町に異世界への門が開いた。 「近界民(ネイバー)」後にそう呼ばれる異次元からの侵略者が門付近の地域を蹂躙、街は恐怖に包まれた。 近界民に地球上の兵器は効果が薄く、都市の壊滅は時間の問題と思われた。 しかし、その時突如現れた謎の一団が近界民を撃退。 近界民の技術を独自に研究し、「こちら側」の世界を守るため戦う組織、界境防衛器官「ボーダー」。 彼らはわずかな期間で巨大な基地を作り上げ、近界民に対する防衛体制を整えた。 それから4年。門は依然として開いているにも拘わらず、三門市を出て行く人間は驚くほど少ない。 高校生の三雲修もまた、ボーダーに所属していた。 ある日、修のクラスに転校生がやってきた。空閑遊真と名乗った少年は、何故かボーダーの人間にのみ携帯を許される「トリガー」と呼ばれる武器を持っていた。 修に問いただされた遊真は言う。 『俺は門の向こうの世界から来た。お前らが言うとこの「近界民」ってやつだ』 遊真と修、二人の物語が動き始める。