FLAG 20XX年、アジアの小国で勃発した内戦は、国 連軍の介入をもってしても拡大し、泥沼化し ていたが、戦地で偶然撮影された一枚の写真 によって、和平への動きが一気に加速した。 それはフラッグの写真――敵同士であるはずの 兵士が戦闘中に互いに協力して聖地に旗を掲 げる姿――だった。 フラッグは平和の象徴となった。 しかし停戦まであと一歩のところで、妨害を 謀る武装勢力過激派にフラッグは奪われてし まった。 国連は極秘裏にフラッグを奪還すべく、 ＳＤＣ（Special Development Command）" シーダック"の投入を決め、 さらにその活動の全てを記録するためカメラ マンの帯同を命じた。 この任を依頼されたのは、白州冴子。彼女こ そ、ことの発端であるフラッグの写真を撮っ た本人であった。 最新の強化装甲服ＨＡＶＷＣ（High Agility Versatile Weapon Carrier）"ハーヴィック" を装備し、 容易な作戦と考えていた部隊は、予想もしな い反撃に遭い、苦戦を強いられる。 相手はただの武装勢力ではないのか？ 部隊に同行する白州のカメラは、戦いの底に 隠された真実に迫っていく─。

ラーゼフォン 21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神 名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空 に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破 壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似 した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に 出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に 乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨 大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する 瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」そ の言葉に従って、謎の女性・紫東遙と ＶＴＯＬで東京を脱出しようと試みた綾人 は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体 内へと入っていく。ついに目覚めのときがき た。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォン は、そのまま東京から飛び去っていった。外 から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星の ような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の 存在ＭＵに占拠された首都は、不思議な膜に 閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられてい た。しかも外部には、12年も先の時間が流れ ていたのだった…。 東京を支配する「青い血」の人間とは何者 か？綾人とラーゼフォンには、どんな関係が あるのか？そして真実の世界で、綾人を待ち 受ける運命は何か？