SHUFFLE! 人間が住む｢人間界｣と神族が住む｢神界｣、そして魔族が住む｢魔界｣と3つの世界が突如つながり、人間界に｢魔法｣がもたらされてから10年・・・・・。土見稟は｢国立バーベナ学園｣に通う高校2年生。幼馴染みの芙蓉楓や悪友の緑葉樹らとともに楽しい学園生活を送っていた。そんなある日、稟のクラスに神族と魔族の美少女2人が転校してきたのだ!しかも彼女達はなんと・・・・・神王と魔王それぞれの王女様だった!?

ヨスガノソラ 都市部から遠く離れた片田舎、奥木染（おく こぞめ）。 春日野悠は、妹の穹を連れてその町に向かっ ていた。そこは幼少の頃夏休みに何度も訪 れ、過ごした祖父の家があり、懐かしい場所 であった。 不慮の事故により両親を亡くし、拠り所を 失った２人は、今は誰も住んでいない祖父の 家に引っ越し、そこで暮らす事を決める。 小さい頃から、あまり変わっていないように 感じた町並みや人。 懐かしい想い出や、静かな環境が、悠を癒し ていったが、徐々に変化が訪れる。 想い出として心に刻まれたときからもう始 まっていた未来。今まで傷つき、不器用な生 き方しかできなかった相手と、 悠はどう向き合うのか……日差しが強まる初夏 の空の下、物語が動き始めるのだった。