THE MARGINAL SERVICE ある日、地球はグレイ型エイリアンに襲われた。 エイリアンの攻撃になすすべもなく壊滅状態の航空自衛隊を救ったのは、 実在するはずのない人間の顔を持つ“伝説上の生き物”だった。 国家はその事件で彼らが地球で共存していたことを初めて認識することとなり、 彼らを≪境界人≫と呼び監視下においた。 そして数年後……移民や不可解なテロ事件が発生し、混沌とする世界にある機関が発足された。 それが≪マージナルサービス≫ ≪境界人≫専門の犯罪を取り締まり、その存在を徹底的に隠蔽する機関である。 舞台はジャパン澁宿…… 集められた精鋭たちがジャパンの誇り“ニッカポッカ”をまとい、 日夜≪境界人≫と対峙しながら地球を守る物語である。

ディーふらぐ！ 府上高校でも有名な不良の風間堅次がひょん な事からゲーム製作部の部室を覗いてみると、 その中では小火災が発生していた。中にいた 部員たちと消火する事には成功するものの、 火災を隠蔽するために堅次たちの記憶を奪お うと部員たちに襲われてしまう。 必死に逃げる堅次だったが、部長・柴崎芦花 に助けられた事をきっかけにゲーム製作部に 入部する事になってしまう。