.hack//Roots 人気ゲーム「.hack」シリーズのTVアニメ化第3作。バージョンアップされたネットワークゲーム「The World R:2」。初めてそのゲームにログインしたハセヲは、無法地帯と化した世界にプレイする意欲をなくしてしまう。だが、オーヴァン率いる＜黄昏の旅団＞との出会いが何かを変えていく…。