真ゲッターロボ対ネオゲッターロボ 「恐竜帝国」との戦いは、武蔵の自らを義性にしたゲッターロボの自爆と共にすべてが終わったかにみえた。５年後。「恐竜帝国」の復活を確信した神隼人は、ネオゲッターロボの開発を進めていた。そして一文字號、橘翔、大道剴を選び、新ゲッターチームを編成する。そんな隼人たちの前に「恐竜帝国」がついに姿を現す……。

学校の怪談 母親の死をきっかけに、両親の故郷に引っ越してきた小学5年生の宮ノ下（みやのした）さつきと、弟で1年生の敬一郎（けいいちろう）は両親も通ったという「天の川小学校」に転入することになった。 転入初日、名高い心霊スポットで今は使われていない旧校舎に、ふとしたきっかけで足を踏み入れてしまったさつきたちは、そこで母親の日記を発見する。それには昔、母親が「霊眠（成仏させ封じ込める事）」させた幽霊や妖怪のことが記されていた。だが、それらを封じ込めていた裏山の大杉の木が開発のため切り倒されてしまった！ さつきたちは、解放され人間を襲い始めた妖怪たちをこの「オバケ日記」を元に再び霊眠させなければならなくなったが…。

遊☆戯☆王デュエルモンスターズ ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も説いたことがないという「千年パズル」をもらう。 苦労の末に、千年パズルを解いたことで目覚めた「闇の力」。 千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯がが現れた！遊戯の中のもう一人の遊戯…。新たなデュエルが今、始まる！