攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG 西暦2030年。“笑い男事件”が解決して半年・・・公安９課が完全な再建に向けて活動をしていた。ある夜、中国大使館で「個別の１１人」と名乗るテロ組織による人質立て籠もり事件が勃発する。彼らの要求は、アジア招慰難民受け入れの即時撤廃と招慰難民居住区の完全閉鎖だった。公安9課の面々が再び集合する。今度の敵は個人か国か社会か！より大きな舞台で9課の活躍が始まる。