ワールドウィッチーズ発進しますっ！ 突如、出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。 ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った少女たちだけだった・・・のだが・・・ いつまでたっても人類の敵・ネウロイはやってこず・・・ 戦闘ではなくグータラな毎日を過ごす世界各国のウィッチたち。 今回は501部隊だけでなく、502部隊「ブレイブウィッチーズ」の日常も追うっ！ ネウロイと戦わない魔女（うぃっち）達のおかしな日常劇第2弾が始まる！

ストライクウィッチーズ 劇場版 501部隊発進しますっ！ ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。５０１部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで欧州の医学校へ留学する事になる。海軍兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一緒に再び欧州へ向かう宮藤。一方、かつての５０１部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんな時、欧州を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう。元５０１部隊の仲間たちは、無事に宮藤たちを救い出す事ができるだろうか──!?

ストライクウィッチーズ 501部隊発進しますっ！ 人類の防衛線『第501統合戦闘航空団』に宮藤芳佳が入隊！ ・・・しかし、肝心の敵・ネウロイはなかなかやってこず、 戦闘ではなく炊事洗濯の毎日に追われる日々。 個性的な隊員たちに振り回されたり、ツッコミを入れたり、 フォローしたりと、そんな芳佳と愉快な魔女（うぃっち）達の おかしな日常が始まる！