ガーリー・エアフォース 突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。 彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。 操るのは、アニマという操縦機構。 それは――少女の姿をしていた。 鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。 人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。

とある科学の超電磁砲S 総人口二三〇万人を数える、東京都西部に広 がる巨大な都市。 その人口の約八割を学生が占めることから、 「学園都市」と呼ばれているその都市では、 世界の法則 を捻じ曲げて超常現象を起こす力――超能力の 開発が行われていた。 特殊な授業（カリキュラム）を受け、能力を 得た学生たちは、定期的な『身体検査（シス テムスキャ ン）』によって、『無能力（レベル０）』か ら『超能力（レベル５）』の６段階に評価さ れている。 その頂点に立ち、最強と謳われるのが、七人 の『超能力者』たちである。 そのひとり、御坂美琴。 電気を自在に操る『電撃使い（エレクトロマ スター）』最上位の能力者にして、『超電磁 砲（レール ガン）』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま 学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。 後輩で『風紀委員（ジャッジメント）』の白 井黒子。その同僚でお嬢様に憧れる初春飾利 と、都市伝 説好きな彼女の友人、佐天涙子。 そんな仲間たちと、平和で平凡で、ちょっぴ り変わった学園都市的日常生活を送っていた 美琴に、突 然の学園都市の『闇』が迫る――。