BLAME! 過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。 都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。 都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。 少女・づるは、村を救おうと食 糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。 仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥（キリイ）であった。