NieR:Automata Ver1.1a 西暦5012年。 突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、 彼らが生み出した＜機械生命体＞により、人類は絶滅の危機に陥った。 月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、 ＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。 しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、戦いは膠着状態に陥る。 人類は最終兵器として、新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を地球へ派遣。 新たに地球へと派遣された＜2B＞は先行調査員の＜9S＞と合流し、 任務にあたるが、その最中で、数々の不可解な現象に遭遇し……。 これは人類のために戦い続ける、命なき＜アンドロイド＞の物語――。