メガトン級ムサシ シーズン2 飛行するシェルター『イクシア』は、異星勢力ドラクターへの反撃のため、 伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。 一方、シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。 そこで、アーシェムは苦境に負けず強く生きる人々に出会い、 二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める…。 地球人と異星人、ひとりひとりの想いが交錯し、 新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。 ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。 そして、シェルターイクシアを待ち受ける現実…。 更に巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。

メガトン級ムサシ シーズン1特別篇 ごくふつうの町で、穏やかに満たされた生活をおくる人々がいた。 しかし彼らは、それが、偽りの平和であることを知らなかった。 知られざる真実…。 地球はすでに、滅んでいるということを…。 宇宙からの謎の異星人勢力の攻撃を受け、人類は99.9％が死滅。 その敵は『ドラクター』と名付けられた。 やがて地球には大きな穴があけられ、 異星人の居住に適した環境にテラフォーミングされた。 人類は彼らの目を逃れ、シェルターに身を潜めるしかなかった。 いつ訪れるかわからない、復活の日を待ちながら…。 シェルターイクシアの住人たちは、滅びの日の記憶を消され、 何も知らず普通の生活を送っていた。 しかし、その中の一部の『選ばれし者』たちは、パイロットとなり、 『ローグ』と呼ばれる巨大ロボットを駆り、異星人と戦っていた。 そして、今日もまた、新たなパイロットが選出される…。