空賊であるトベル・チキン、アンリエッテ、ニュートの三人は、
行方不明となったダイブ・イーグル団長が依頼していたという新飛行船を受け取るため、
ヴィクトリアシティの工房へと赴いた。

しかしそこにはヘビ族のファーリィ「ディープ・ベノム」率いる
「ビッグ・ヴァイパー空賊団」が待ち受けていた。

アンリ、トベルの奇抜なアイディアで工房の親方ブリストーを救出し、
何とか工房を脱出出来た三人。
療養と新飛行船建造のため、しばし街で平和な時間を過ごすこととなった。

団員達と新飛行船のメインウェポン
並びに船体のカラーリング等を相談したりしていたある日、
ブリストー親方から新飛行船に必要不可欠な「アメノイワ」が秋津洲から届かないため、
現地に赴き直接確保してきて欲しいと頼まれた。

旧飛行船最後のフライトは順調に進み、一行は秋津洲（アキツシマ）へとたどり着いたのであった。

キャプテンを失ったまま、あてもなく空をさすらうイーグル空賊団の飛空艇。

そこに蛇人「ディープ・ベノム」率いる「ビッグ・ヴァイパー空賊団」が襲撃を仕掛けてきた。
戦った所で利益なしと、戦闘を離脱したのもつかの間、
イーグル空賊団が長きに渡って愛用していた飛空艇バートニアン号の船体に
限界がきていることを知る。

トベル臨時船長、ニュート、アンリエッテの３人は
ヴィクトリアシティの造船所「ブリストー工房」に、かつてキャプテンが新型飛空艇の建造を依頼していたことを聞き、
空賊の正体を隠してシティに潜入するのだった。

しかし、たどり着いた工房には、すでに蛇人ディープベノムが３人を待ち受けていて……！

ニワトリ族ファーリィのトベル、モダンタイムズの少女アリエッテ、没落アンティークのニュート。
３人は、かつて命を救ってくれたキャプテン・ダイブイーグルの元で、
イーグル空賊団の一員として暮らしていた。

そんなある日、ヴィクトリアシティ艦隊の待ち伏せに遭あった空賊団は
無数の稲妻が轟く雷雲の中に活路を見出す。
３人の活躍により、辛くも追手を振り切ったイーグル空賊団だったが
その代償は大きかった。

空賊団を率い、みなの心の支えとなっていたキャプテン・ダイブイーグルが
雷雲の中、稲妻を飛空艇に落とさせないために、自らが避雷針となって
黒雲の彼方に飛び立ってゆき、そしてついには戻らなかったのだ……。