きましたね、通関番号。
これは実際のところ、資料が本当に無くて、状況証拠的な形でしかネタを持っていません。
明確なソースが無いのが本件の苦しいところです、年表に記載する際は△印としていただければと思います。
（税関にでも問い合わせれば良いのかもしれません、また国税庁取材にも期待したいと思います。）

通関番号ですが、いきなりコケますが、いつから付き始めたのか、始まりは不明です。
終わりは、そもそもこの番号は以下に記載する”管理業務”のために使われていた番号なので、
より管理のしやすいバーコードが導入された、1987年頃から消滅しています。

通関番号は、アルファベットもしくは漢字1～２文字と、数字１～５桁で構成されていて、
アルファベットは、OK、K、Y、NY、Tがあり、漢字には、東、大、沼津、を確認しています。

この略語が意味するところは、アルファベットは輸入の際に通った港（税関）の場所。
漢字は、国産のウィスキーに使われており、酒税の担当となる国内の税関の場所です。
OK＝沖縄、K＝神戸、Y＝横浜、NY＝これだけ不明、横浜の第2区分か何かか。古くからあるものではない。T＝東京。
東＝東京　大＝大阪　沼津＝沼津

そして数字ですが、これは上述のアルファベットor漢字との組み合わせで、どの取り扱い企業がどの銘柄をどこの税関を通して輸入（出荷）しているか、を紐付けしていると思われます。
コンピューターの普及していない無い時代ですし、業務簡略化の手段だったのではないでしょうか。

数字の割り振りは登録順なので、確かに先に登録したほど数字は低くなります。
ただ、ボトルのデザインが変わっても、取り扱い企業が変わらなければ（または、新たに登録しなおさなければ）ナンバーはそのままです。

一例としては、ジャーディン取り扱いのホワイトホースは60年代も、70年代も、80年代も通関番号は446です。
また、沖縄など（OとNY）、税関の設置が遅かった場所や、沼津のように処理数が少ないと思われるところについては、他所より後から登録しても若い番号になります。

そのため、オールドボトルを見ていくひとつの目安として、通関番号は参考になりますが、
タケモトさんもおっしゃるとおり、必ずしも番号が低ければ古いということにはならないので注意が必要です。