千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう１人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。
海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった――。
そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。
その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。
そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。
ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。
すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！

原作・脚本・キャラクターデザイン・製作総指揮／高橋和希
監督／桑原智
キャラクターデザイン・総作画監督／加々美高浩
美術監督／中村隆
コンセプトデザイン・モンスターデザイン／反田誠二
CGクリエイティブディレクター／内田優作
色彩設計／横井正人
音響監督／松岡裕紀
撮影監督／枝光弘明
製作／2016劇場版「遊☆戯☆王」製作委員会

武藤遊戯：風間俊介
海馬瀬人：津田健次郎
城之内克也：高橋広樹
真崎杏子：齊藤真紀
藍神：林 遣都
セラ：花澤香菜