突然姿を消したシュラを捜索するため、燐と雪男は兄弟ふたりで青森・永久蛇湖へ向かう。
ここは、シュラの出身地――かつて獅郎が彼女を保護した場所だった。
捜索を進める中、燐と雪男は、シュラに待ち受ける定めを知る。

一方、正十字騎士團日本支部にやってきた四大騎士（アークナイト）のひとり・ライトニングは、イルミナティについての調査を開始する。
全ては「青い夜」から始まった――そう推測するライトニングは、徐々に騎士團の暗部へ足を踏み入れることとなる……。