【明智あんな】は、マコトミライタウンに暮らす14歳の中学２年生！
誕生日に現れた妖精【ポチタン】と、お部屋にあったペンダントに導かれて
2027年から1999年のまことみらい市にタイムスリップ…！

そこで出会ったのは、名探偵に憧れている14歳の女の子【小林みくる】！

そんな中、事件発生！？
大切なものを盗まれて困っている人がいるみたい…！
事件は【怪盗団ファントム】のしわざ…！？

困っている人を見逃せない…！
そんな思いから、あんなとみくるは【名探偵プリキュア】に変身‼

名探偵プリキュアがみんなの笑顔を推理で守る！
「そのナゾ！キュアット解決！」

そして、あんなは元の時代に戻ることができるのか…！？