世界大戦の火種がくすぶる昭和12年秋、帝国陸軍の結城中佐によって、スパイ養成部門“Ｄ機関”が秘密裏に設立される。生え抜きの軍人を尊ぶ陸軍の風潮に反し、機関員として選ばれたのは、東京や京都といった一般の大学を卒業し、超人的な選抜試験を平然とくぐり抜けた若者たちだ。彼らは魔術師のごとき知略を持つ結城中佐のもと、爆薬や無電の扱い方、自動車や飛行機の操縦法はもちろん、スリや金庫破りの技に至るまで、スパイ活動に必要なありとあらゆる技術を身につけ、任地へと旅立っていく。
「死ぬな、殺すな」——目立たぬことを旨とするスパイにとって自決と殺人は最悪の選択肢であるとするＤ機関は、陸軍中枢部から猛反発を受けつつも、味方を欺き、敵の裏をかき、世界中を暗躍する。東京、上海、ロンドン……世界各地で繰り広げられるインテリジェンス・ミステリー。

原作：柳 広司「ジョーカー・ゲーム」シリーズ（角川文庫刊）
監督：野村和也
シリーズ構成・脚本：岸本卓
キャラクター原案：三輪士郎
キャラクターデザイン・総作画監督：矢萩利幸
チーフリサーチャー：白土晴一
美術監督：谷岡善王
美術設定：成田偉保
3DCGI：サブリメイション
色彩設計：野田採芳子
特殊効果：村上正博
撮影監督：田中宏侍
編集：植松淳一
音楽：川井憲次
音響監督：岩浪美和
アニメーション制作：Production I.G

結城中佐：堀内賢雄
三好：下野紘
神永：木村良平
小田切：細谷佳正
甘利：森川智之
波多野：梶裕貴
実井：福山潤
福本：中井和哉
田崎：櫻井孝宏
蒲生次郎：津田健次郎
佐久間中尉：関智一