風紀委員長「雲仙冥利」との戦いに勝利した「黒神めだか」。
この戦いによって、箱庭学園は「フラスコ計画」を巡る新たなる戦いの火蓋が切られた。
目安箱により、箱庭学園理事長「不知火袴」総帥に呼び出されためだかは、新たな依頼を受ける。
雲仙の戦線離脱を理由に、自分の主宰するプロジェクトに参加してほしいとめだかに頼む不知火袴。
「私は便宜上、それを「フラスコ計画」と呼んでいます。」『十三組の十三人』を擁する「不知火袴」の野望、天才を人工的に作り出すこと―――。
『十三組の十三人』の王土により、フラスコ計画の全貌を聞かされためだかはある決意をする。
「生徒会長権限を発動させせるぞ、善吉よ。フラスコ計画を今日中に叩き潰す！！」

原作：西尾維新・暁月あきら
（集英社「週刊少年ジャンプ」連載中）　
監督：佐伯昭志
キャラクターデザイン：桑名郁朗
色彩設計：高星晴美
美術監督：阿部幸恵
撮影監督：赤松康裕
編集：平木大輔
音響監督：渡辺淳
音楽：加藤達也
音楽制作：ランティス
アニメーション制作：GAINAX
製作：箱庭学園生徒会

アニメオフィシャルホームページ：
http://medakabox.jp/
番組公式サイト：
http://www.tv-tokyo.co.jp/anime/medaka2/

黒神めだか：豊崎愛生
人吉善吉：小野友樹
不知火半袖：加藤英美里
阿久根高貴：浪川大輔
喜界島もがな：茅野愛衣
雲仙冥利：朴璐美
鬼瀬針音：大橋歩
都城王土：勝沼紀義