宇宙暦796年（帝国暦487年）。3000万人の将兵を動員した自由惑星同盟の遠征軍は、帝国領内で銀河帝国宇宙艦隊副司令長官となったラインハルト元帥と麾下の率いる大艦隊と交戦。8個艦隊中、3個艦隊を失うという大きな被害を受けた。しかし、自由惑星同盟最高評議会の意向を受けたロボス総司令官は、残存戦力を集結させての戦闘継続を指示。完全なる勝利を求めるラインハルトも、自由惑星同盟軍の集結ポイントであるアムリッツァ星域へと進攻したことで、後に「アムリッツァ星域会戦」と呼称される戦いが幕を開けた。
「アムリッツァ星域会戦」の翌年、銀河帝国皇帝フリードリヒ四世が後継者を指名しないまま急死。門閥貴族による権力闘争が始まる。一方、自由惑星同盟内では大規模な軍事クーデターが勃発。帝国、同盟それぞれの国を揺るがす二つの内乱はラインハルトとヤンの行く末をも左右することに…。