西暦2029年。企業のネットが星を被い、電子や光が駆け巡っても国家や民族が消えてなくなる程情報化されていない近未来の日本。全身義体のサイボーグ・草薙素子は、バトーをはじめとする精鋭部隊を指揮するなかで、犯罪を未然に防ぐことを目的とした特殊部隊の設立を望んでいた。同様の部隊設立を構想していた内務省の荒巻大輔は草薙たちをスカウト。草薙たちは攻性の組織となる公安９課、“攻殻機動隊”としての活動を始める。国家間の謀略が渦巻く電脳犯罪に対峙していくなか、ある事件の捜査線上に正体不明のハッカー“人形使い”の存在が浮かび上がる。草薙を待ち受ける運命とは――そして、人形使いの目的とは。新時代のサイバーパンクアクション、始動――!!