PHP5.6系ソースインストール設定後の解説です。
ソースファイルから、容易にモジュールを追加することができます。

例：PDOを後から追加したい場合
※phpソースファイルに移動します
cd /usr/local/src/php5.6.24/ext/pdo

※phpizeコマンドを実行してextensionパスを通します
/usr/local/php/bin/phpize
※追加したいモジュールをコンパイルします
./configure --with-pdo
make
make install

※無事追加されると、以下のようなディレクトリに追加されているのがわかります
/usr/local/php/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20131226/

※追加したモジュールを認識させるためには、以下に作成します
cd /usr/local/php/etc/php.d/
vi pdo.ini　←新規作成
---------------------ここから以下を入力--------------------------
extension = pdo.so
---------------------ここまで以上を入力--------------------------

※php-fpmを再起動