涙を流すマリア像、信徒の肉体に浮かび上がる聖痕――。
世界中から寄せられる“奇跡”をめぐる様々な現象は、真実なのか、まやかしなのか……？
その真偽を調査し、判別するのがバチカンに所属する「奇跡調査官」の務めだ。
天才的な頭脳を持つ平賀と、古文書・暗号解読のエキスパートであるロベルト。 強い信頼関係で結ばれた二人は、調査のために訪れた先で奇怪な事件に巻き込まれながらも、奇跡の真偽を見定めていく。
天才神父コンビの行く手に待ち受けるのは、神の導きか、悪魔の囁きか――!?

原作：藤木稟（角川ホラー文庫刊）
キャラクター原案：THORES柴本
監督：米たにヨシトモ
シリーズ構成：水上清資
キャラクタ―デザイン：岩倉和憲
美術監督：古賀　徹
色彩設計：日野亜朱佳
撮影監督：黒澤　豊
編集：近藤勇二（REAL-T）
音響監督：岩浪美和
音響制作：グロービジョン
音楽：藤澤慶昌
音楽制作：ランティス
オープニング主題歌：SCREEN mode「MYSTERIUM」
エンディング主題歌：岡本信彦「サクラメント」
アニメーション制作：J.C.STAFF
製作：「バチカン奇跡調査官」製作委員会

平賀・ヨゼフ・庚：岡本信彦
ロベルト・ニコラス：諏訪部順一
サウロ大司教：江原正士
ローレン・ディルーカ：斉藤壮馬
ビル・サスキンス：安元洋貴
ジュリア司祭：遊佐浩二
平賀良太：代永翼