仮面の反逆者ゼロとして、反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強していくルルーシュと、第3皇女ユーフェミアの騎士に任じられるスザク。
それぞれに力をつけていく二人に運命の転機が訪れる。エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表したのだ。
行政特区日本の実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味する。
状況を打開するため、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みる。
守りたいもののために決めた覚悟。ギアスの代償。
一縷の希望は悠久の野望と共に翻弄され、悲劇は加速していく――

ストーリー原案：大河内一楼、谷口悟朗
監督・構成：谷口悟朗
キャラクターデザイン原案：CLAMP
キャラクターデザイン：木村貴宏
ナイトメアデザイン：安田 朗、中田栄治、阿久津潤一
メカニカルデザイン・コンセプトデザイン：寺岡賢司
演出：秋田谷典昭
メインアニメーター：木村貴宏、千羽由利子、中田栄治、中谷誠一
美術監督：菱沼由典
色彩設計：岩沢れい子、柴田亜紀子
撮影監督：千葉洋之
編集：森田清次
音響監督：井澤 基、浦上靖之
音楽：中川幸太郎、黒石ひとみ
主題歌：藤原さくら 「The Moon」
オープニングテーマ：ALI PROJECT 「勇侠青春謳」
挿入歌：相坂優歌「今はここに」
配給：ショウゲート
製作：サンライズ、コードギアス製作委員会

ルルーシュ：福山 潤
スザク：櫻井孝宏
C.C.：ゆかな
カレン：小清水亜美
ナナリー：名塚佳織
シャーリー：折笠富美子
ミレイ：大原さやか
リヴァル：杉山紀彰
ニーナ：千葉紗子
ジェレミア：成田 剣
ロロ：水島大宙
シャルル皇帝：若本規夫
V.V.：河城英之介
シュナイゼル：井上倫宏
カノン：三戸耕三
ビスマルク：内田聡明
ジノ：保志総一朗
アーニャ：後藤邑子
ロイド：白鳥 哲
セシル：井上喜久子
オデュッセウス：山野井 仁
コーネリア：皆川純子
ユーフェミア：南 央美
ダールトン：梁田清之
ギルフォード：幸野善之
バトレー：宝亀克寿
ディートハルト：中田譲治
ヴィレッタ：渡辺明乃
扇：真殿光昭
玉城：檜山修之
南：加瀬康之
咲世子：新井里美
ラクシャータ：倉田雅世
藤堂：高田裕司
朝比奈：私市 淳
卜部：二又一成
神楽耶：かないみか
天子：須藤沙織
星刻：緑川 光