エウレカが作り上げたスカブコーラル（珊瑚状の情報生命体）の中の仮想世界。
　その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。
　混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の立師団無任所部隊A.C.I.D.（アシッド）の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――

監督：京田知己／脚本：野村祐一・京田知己／原作：BONES／キャラクターデザイン・作画監督：奥村正志／メインメカニックデザイン：河森正治／コンセプチャルデザイン：宮武一貴／メカニックデザイン：大河原邦男・出渕 裕・玉盛順一朗／メインデザイン：上津康義・佐山善則・山根公利・柳瀬敬之・齋藤将嗣・片貝文洋・武半慎吾／銃器設定：金子秀一／特技監督：村木 靖／メカ作画監督：横屋健太／メインアニメーター：柿田英樹・大塚 健・阿部慎吾・長野伸明／美術監督：永井一男・本庄雄志／色彩設計：水田信子／編集：坂本久美子／撮影監督：木村俊也／音響監督：若林和弘／音響効果：倉橋静男／音楽：佐藤直紀／主題歌：「Eureka (feat. kojikoji)」変態紳士クラブ(TOY’S FACTORY)／挿入曲：「The Strength in Life」HIROSHI WATANABE／アニメーション制作：ボンズ／製作：バンダイナムコアーツ・バンダイナムコセブンズ・博報堂DYミュージック＆ピクチャーズ・ボンズ・サミー・MBS／配給：ショウゲート

エウレカ・サーストン：名塚佳織／アイリス・マッケンジー：遠藤璃菜／石井・風花・アネモネ：小清水亜美／ホランド・ノヴァク：森川智之／タルホ・ノヴァク：根谷美智子／ムーンドギー：宮野真守／ギジェット：水沢史絵／ウォズ：チョー／チャールズ・ビームス：小杉十郎太／レイ・ビームス：久川 綾／エンドウ：佐々木 敏／サムナ・スタージョン：下野 紘／ルリ・フレイム：豊口めぐみ／ミーシャ・ストラヴィンスカヤ：沢海陽子／バンクス：三木眞一郎／グレッグ・ベア・イーガン：銀河万丈／レッド・ツゥ：千本木彩花／チャイム：潘 めぐみ／エクス・トラ：瀬戸麻沙美／キラ・ポマト：M・A・O／末野・ラ・ティーノ：嶋村 侑／ラ・ラ・ランド：諸星すみれ／レントン・ビームス・サーストン：三瓶由布子／デューイ・ノヴァク：山寺宏一　他