34歳・無職・引きこもりの男は、ある日家族から家を追い出された際に交通事故に遭い死亡…と思った瞬間、剣と魔法の異世界でルーデウス・グレイラットとして転生。前世での経験と後悔を糧に、今度こそ本気で生きていこうと誓う。
ラノア魔法大学で再会した幼馴染シルフィエットと結婚し幸せな生活を送るルーデウスだったが、行方不明になっていた母ゼニスを救出すべく、父パウロや師匠のロキシーたちと共にベガリット大陸の転移迷宮へと足を踏み入れる。マナタイトヒュドラとの死闘の末にゼニスを救出するがその代償は大きく、父パウロの命と自身の左腕を失ってしまう。大きなショックの中、ロキシーはルーデウスを支えようと彼の第二の妻となる。シルフィは寛大な心でロキシーを受け入れ、ルーデウスは二人と、シルフィエットとの娘ルーシー、妹のノルンとアイシャたち家族との日常と、彼女たちを守ることを心に決める。その中で、ルーデウスが様々な人々と出会い、彼の目に映る世界は広がっていく。そして、新たな冒険へ―。
一方、時は遡り―――。龍神オルステッドに一度ルーデウスを殺され、その後蘇生されるも、自らの無力さを痛感したエリスは、ルーデウスの隣から去っていった。ギレーヌと共に剣の聖地へ向かったエリスは、七代列強のひとりである剣神ガル・ファリオンの下、剣の腕を磨いていく。すべては、ルーデウスに相応しい存在になるために――。