２０１９年末に中国武漢で初めて確認された新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は、２０２０年１月に国内で初めて感染者が確認されました。
この新型コロナウイルスの変異速度は、２４．７塩基変異／ゲノム／年、(１年間で平均２４．７カ所の変異が起こる)と推定されています。
当初は武漢由来の系統の新型コロナウイルスが日本に流入しましたが、その後消失しました。
また、クルーズ船ダイヤモンド・プリンセス号の乗客、乗員を起点とするウイルス株も現在、日本では検出されておらず、終息したものと思われます。
３月下旬に、欧州系統の新型コロナウイルスが日本国内に流入し、さらにそれが３００を超える系統に分岐、派生しましたが、５月下旬頃には収束へ向かいました。
その後、６月下旬に欧州系統から６つの塩基が変異した系統が、国内で確認されました。
この系統と流入してきた欧州系統との直接のリンクとなったウイルス株は発見され
