『第一章 黒の侵略』

時に西暦2207年――。突如、太陽系に謎の巨大物体が侵入を果たす。幾重もの防衛網を易々と突破し、巨大物体――〈グランドリバース〉は悠然と首都に降下を果たした。音も無く出現する降下兵の群れ。恐れていた事態、かつてガミラス本星を破壊したデザリアムの地球侵攻が始まったのだ。瞬く間に制圧されてゆく首都。戦渦の中で再会を果たす古代進と森雪。だが脱出のさなか、古代は彼女を永遠に失ってしまう……。
地球を逃れた旧ヤマト艦隊クルーは、指定された座標を目指す。イカロス天文台。そこに新たな姿となった宇宙戦艦ヤマトが待っているのだ。
デザリアムの聖総統スカルダートが地球人類に語る、驚くべき彼らの正体と目的。地球の命運を賭けて、かつてない未踏の時空へのヤマトの航海が始まる。


『第二章 赤日の出撃』

遂に新都湾岸部にデザリアムの巨大移動要塞〈グランドリバース〉が降着した。
地球を制圧したデザリアム・聖総統スカルダートは「われわれはあなたです」と人々に1000年に及ぶ歴史を説く。彼らは破滅へと向かう地球の未来を変えるため“イスカンダルの欠片”を探していた。

驚くべきことに、彼らは“敵”ではなかったのである!!

一方、旧ヤマト艦隊クルーは、新生・宇宙戦艦ヤマトが待つイカロス天文台へと到達していた。しかし森雪を失った古代進は、失意のあまり指揮できる状態にはない。デザリアムのアルフォン少佐の手で、愛する雪が介抱されていたとは知る由もなく……。

果たしてデザリアムとは何者なのか!?　その本当の目的とは!?
全ての謎の答えを求めて、いまヤマトが発進する!!


『第三章 群青のアステロイド』

宇宙戦艦ヤマトが不在となった地球では、デザリアムと共存する奇妙な日常が始まろうとしていた。あの加藤志郎の忘れ形見・翼が通う小学校にも、デザリアムの少女フルールが転入。彼らは次第に周囲に馴染み、人々はそれを受け入れていく――。
だが本当にデザリアムは、不幸な歴史を変えるために現れた善意の使者なのか。旧ヤマト艦隊クルーを中心とするパルチザンはその正体を世間に訴えるべく、大規模な反抗作戦を計画するのだが……。
一方、宇宙戦艦ヤマトは透明戦艦グロデーズの追撃を振り切り、ガルマン星系に立ち入ろうとしていた――。
　すべてを失った古代進は、再び立ち上がることができるのか。
　そしてさらわれたサーシャの運命はいかに――!?


『第四章 水色の乙女（サーシャ）』

ガミラスの新たな故郷・ガルマン星へ。
そこで待っていたのはデスラー総統だけではなかった。
17歳へと成長したサーシャ。
かつて失われた幼い少女との、ありえない再会。
戸惑いと喜びの狭間で、古代の心は揺れる。
一方、地球ではマザー・デザリアムの計画が新たな段階を迎えていた。
策謀渦巻く社交の場に現れたのは、ドレスに身を包んだ雪。
敵であるアルフォンに寄り添う彼女の胸に秘めた覚悟とは――。
ガルマン星系にはボラー連邦に従うバース星のラ＝ジェンドラ艦隊が侵入。
ヤマトは、二大勢力の紛争に巻き込まれていく。
迫り来る惑星破壊ミサイル。
果たして、ヤマトはガルマン星を救い、「ウラリアの魔女」の正体に迫ることができるのか――。