２０２７年、第四次非核大戦終戦から一年、戦禍の爪痕癒えぬニューポートシティで自走地雷を使った爆殺事件と、兵器売買における収賄容疑の掛った軍人が銃殺される事件があった。雨烟る中、その軍人の電脳を求め墓地を暴く公安の荒巻大輔。そしてその背中に冷たい銃口を向けたのは、殺された上官の容疑を晴らそうと動く陸軍義体化部隊『５０１機関』に所属する超ウィザード級ハッカーにして全身義体のサイボーグ、草薙素子だった。だがこの事件を追いかけているのは草薙だけではなかった。彼女を爆殺事件の犯人と疑い付け狙う『眠らない眼』を持つ男、バトー。銃殺事件と娼婦殺人事件の共通項を捜査する新浜県警の刑事トグサ。そして『５０１機関』のクルツ中佐とサイボーグエージェントたちが草薙の動向を注視していた。彼らが追い求めるものは、目の前の「事実」と失われた「真実」とが交錯する電脳社会の混沌に身を潜める。自身の未来と掲げた理想のために草薙の本能が今、起動する。

原作：士郎正宗／総監督・キャラクターデザイン：黄瀬和哉／シリーズ構成・脚本：冲方 丁／メカニックデザイン：柳瀬敬之／美術監督：竹田悠介・益城貴昌／美術設定：加藤 浩（ととにゃん）／プロップ・美術設定：荒川直樹／3DCG監督：井野元英二／撮影監督：田中宏侍／モーショングラフィック：上村秀勝／特殊効果：村上正博／編集：植松淳一／音楽：コーネリアス／音響監督：岩浪美和／エンディングテーマ：salyu × salyu「じぶんがいない」（作詞：坂本慎太郎　作曲・編曲：小山田圭吾）／監督・絵コンテ：むらた雅彦／作画監督・サブキャラクターデザイン：西尾鉄也／アニメーション制作：Production I.G／製作：「攻殻機動隊ARISE」製作委員会

草薙素子：坂本真綾／荒巻大輔：塾 一久／バトー：松田健一郎／トグサ：新垣樽助／パズ：上田燿司／ロジコマ：沢城みゆき／クルツ：浅野まゆみ／ライゾー：星野貴紀／イバチ：間宮康弘／ツムギ：野島健児／マムロ：宮内敦士／カンザキ：石井康嗣／サダモト国防副大臣：秋元羊介／アムリ：村中 知

５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした公安９課の荒巻からの誘いを断り、
自身の部隊の結成を考えていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。
　荒巻の要請で調査のためにロジコマをラボまで移送する草薙だったが、突然、武装集団に襲撃に遭う。そこには「眠らない眼」を持つ元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワの姿があった。彼らは難民虐殺の罪で犯罪者として法廷に立たされている混成７８部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐の無実を証明するために特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていた。だがそれに干渉できる並列解除コードの複製がロジコマに隠されたことを掴みロジコマの破壊を狙う。それを草薙に伝えたのは米軍情報部エージェントのヴィヴィーだった。
　草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。

原作：士郎正宗／総監督・キャラクターデザイン：黄瀬和哉／シリーズ構成・脚本：冲方 丁／メカニックデザイン：柳瀬敬之／美術監督：竹田悠介・益城貴昌／美術設定：加藤 浩（ととにゃん）／プロップ・美術設定：荒川直樹／3DCG監督：井野元英二／撮影監督：田中宏侍／モーショングラフィック：上村秀勝／特殊効果：村上正博／編集：植松淳一／音楽：コーネリアス／音響監督：岩浪美和／エンディングテーマ：青葉市子　コーネリアス「外は戦場だよ」（作詞：坂本慎太郎　作曲・編曲：小山田圭吾）／監督：竹内敦志／絵コンテ：多田俊介・竹内敦志／作画監督・サブキャラクターデザイン：齋藤卓也／アニメーション制作：Production I.G／製作：「攻殻機動隊ARISE」製作委員会

草薙素子：坂本真綾／荒巻大輔：塾 一久／バトー：松田健一郎／イシカワ：檀 臣幸／サイトー：中國卓郎／パズ：上田燿司 ／ボーマ：中井和哉／ロジコマ：沢城みゆき／ソガ：沢木郁也／ヴィヴィ―：藤 貴子／春日国防省事務次官：後藤哲夫

恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子のもとに仲間となったバトーから西ノ内のビルで起きた爆弾テロの急報が届く。現場に急行し制圧するとテロリストたちはファイア・スターターと噂される超ウィザード級ハッカーにより偽の記憶が植え付けられ、更に主犯のカルディス人の胸にはかつてクザン共和国で起きたカルディス人独立戦争の英雄“スクラサス”のシンボルマークであるティアドロップ・ダガーの刺青が刻まれていた。それを見た素子は「スクラサスは戦争中に死んだはず」と断言する。
同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が殺されていた。その所持品には“人魚の脚（ＭＥＲＭＡＩＤ’Ｓ ＬＥＧＳ）”という店名の名刺と、“エアリアル”というタグのついた義体の脚部が遺されていた。事件を捜査する新浜県警の刑事トグサは、クザン共和国水企業の代表者サイード博士にたどり着く。
会議場の爆発物はなにか？　ファイア・スターターの正体とは？　ふたつの事件が交錯するとき、蘇ったスクラサスの狙いが明らかになる――。

原作：士郎正宗／監督・キャラクターデザイン・作画監督：黄瀬和哉／シリーズ構成・脚本：冲方 丁／メカニックデザイン：柳瀬敬之／美術監督：竹田悠介・益城貴昌／プロップ・美術設定：荒川直樹／美術設定：加藤 浩（ととにゃん）／３ＤＣＧ監督：井野元英二／撮影監督：田中宏侍／モーショングラフィック：荒木宏文／特殊効果：村上正博／編集:植松淳一／音楽：コーネリアス／音響監督：岩浪美和／エンディングテーマ：ショーン レノン コーネリアス「Ｈｅａｒｔ Ｇｒｅｎａｄｅ」（作詞：ショーン レノン　作曲・編曲：小山田圭吾）／演出：浜名孝行／アニメーション制作：Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｉ.Ｇ／製作：「攻殻機動隊ARISE」製作委員会

草薙素子：坂本真綾／荒巻大輔：塾 一久／バトー：松田健一郎／トグサ：新垣樽助／イシカワ：咲野俊介／サイトー：中國卓郎／パズ：上田燿司 ／ボーマ：中井和哉／ロジコマ：沢城みゆき／ホセ：鈴木達央／サイード：久川 綾／エマ：茅野愛衣

戦後復興の兆しある２０２８年冬――。
国外カルテルの利権を巡るデモ活動が激化するニューポートシティで起きた警備の機動隊による無差別発砲事件。全てはファイア・スターターによる電脳感染が引き金だった。
草薙素子率いる独立攻性部隊は己の正義を自らのゴーストに委ねて事態の制圧を図る。事件の裏に潜む“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダＪｒ.。事件を追う草薙はその二つのゴーストが求めるものに迫る――。

原作：士郎正宗／総監督・キャラクターデザイン：黄瀬和哉／シリーズ構成・脚本：冲方丁／メカニックデザイン：柳瀬敬之／美術：Ｂａｍｂｏｏ／美術監督：竹田悠介・益城貴昌／美術設定・プロップ：荒川直樹／３ＤＣＧＩ：オレンジ／３ＤＣＧ監督：井野元英二／撮影監督：田中宏侍／編集：植松淳一／音楽：コーネリアス／音響監督：岩浪美和／監督・絵コンテ：工藤進／総作画監督・サブキャラクターデザイン：新井浩一／アニメーション制作：Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｉ.Ｇ／製作：「攻殻機動隊ARISE」製作委員会

草薙素子：坂本真綾／荒巻大輔：塾一久／バトー：松田健一郎／トグサ：新垣樽助／イシカワ：咲野俊介／サイト―：中國卓郎／パズ：上田燿司／ボーマ：中井和哉／ロジコマ：沢城みゆき／エマ：茅野愛衣／ブリンダＪｒ.：小野賢章／クルツ：浅野まゆみ／ホヅミ：慶長佑香／サイード：久川綾