菅官房長官の立場ではああいう言い方になるんでしょうが、あの文書自体は、役人の書いたメモだろうと想像しています。公文書管理が厳しくなると（そのこと自体は正しい）、どうしてもその手のメモをつくるようになるんでしょう。
従ってこの件では、たんなる忖度をこえて、はっきりと安倍首相の意向もはたらいているんだろうとおもいます。

ただ私にはこれが現時点の情報からは「悪いこと」だとはおもえない。（金銭のやりとりなどがあれば話は別）。
地元が長年誘致をしようとしていて、土地も無償で提供（もちろんのちのちの経済効果等を期待しているのでしょう）する意思のあるところ、うまくいかなくて燻っていた問題を、総理がリーダーシップをとって解決した、というだけのことにみえますね。

北方領土の解決にはいろんな考えがあるが、総理は（多数の批判もあるなか）ロシアへの経済的恩恵を供与する方向で解決をめざそうとしています。これと同じに見えます。

どちらも、過程に違法があっては勿論だめだし、その結果には政治責任を問われるけれども、「行政各部を指揮監督する」（憲法72条）権限のある総理大臣が権力を行使すること自体になんの問題があるのかとおもいますね。民進党が政権とっても、共産党が政権とっても、権力は行使されますよ。そのこと自体になんの問題があるんでしょうか。