お陰さまで先の記事はけっこうな数の方に読んで頂けたようです。
その記事の補足になるので、読んでない人は先にそっちをどうぞ。
http://ch.nicovideo.jp/towaco-fox/blomaga/ar504015

※当記事は「クリエイター奨励プログラムって？」
「登録してみたいんだけどよく分からない」という人のための記事です。
そもそもクリ奨に興味ない人は読む必要がありません。
クリエイター奨励プログラムはなかなか表に詳しい情報が出てこないので、
私が個人的に集めた情報を記載しています。間違ってる箇所あったらスマン。

別にこれに付いて追記等一切する予定は無かったのですが、
Twitterでハッシュタグを追って感想を読んでいたところ、
「この記事ウソだろ、俺のマリオ通ったぞ」的な書き込みがちらほら見かけられました。
これに関しては私書こうかどうか悩んで記事の長さを考えて飛ばした記述があるので、
補足ということで私が知ってる限りの情報を書いてみようかと思います。

まず、改めて言いますが、ゲーム動画は基本的に通りません。
前の記事でも基本的に弾かれます、と書きましたが、『基本的に』というの大事です。
通るものがある、ということです。

何が通るのかおおまかに分けるなら、
・権利者がインターネット上に動画公開、及びマネタイズを許可している（９９％通る）。
・コンテンツツリーに登録されている（通るか通らないかは審査次第）。
・審査漏れしている。

こんな感じになるのではないでしょうか。

最初に、以下の記事の内容はあくまで私の憶測であることを
先に断っておきます。運営の事情を知っているわけではありませんので。

まず、「あれ、俺のゲーム動画通ったよ？」って人。
その動画、ポイント少なくないですか？最低でも１０００ポイントくらいあります？
これはもう完全に私の予想になるのですが、恐らくクリエイター奨励プログラムの
審査を担当している人数はかなり少ないです。全部の動画見れてない説。

というのも、私の知り合いが、どう考えても絶対に通らない
ゲーム実況動画がなぜか通ってしまったという話を聞いたことがあるからです。
彼の動画は再生数はそんなに多くなく、貰えたポイントも微々たるものだそうで。
色々と考えて私が出した結論は、獲得ポイントが高い順に毎月審査していて
審査間に合わない動画はすべてほぼ無条件で通しているのではないか、というもの。

以下ちょっと参考画像です。
私が「フリーゲームって通るのか？」と自分の動画を出してみたものですが、
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見事通りませんでした。
ゆめにっき３Dは元になってるゲームがあるので微妙ですが、
クッキークリッカーはBGMすらないブラウザゲーなので言い訳できません。
私は後述する禁止事項とこの辺の結果から「ゲームは弾かれる」と判断しています。
※ポイント化できていればクッキーは１万ポイント、ゆめにっき３Dは全編通れば
５～８万ポイントくらいあったんじゃないかと予想しています。

さらに、これちょっと画像無いのですが、
本来絶対に通るはずのマインクラフト動画が一度「ダメです」と弾かれたことがあります。
何でだろうと考え、「このゲーム、開発会社が許可してるんですけど…」と
もう一度メール送ってみた結果、「再審査したらOKになったよ」と返事がありました。

この結果から恐らく、「ゲーム動画でクリエイター奨励プログラムに登録する際、
動画の権利を証明していないものは無条件で一旦断っている」という仮説を立てています。
しかし、この時に同時に出した他のマイクラ動画は通ったので、単純に審査ミスかも。

因みにこの見送りの時に来たメールの中身一部抜粋すると、
▼クリエイター奨励プログラム参加規約　禁止事項

■第三者の権利を侵害した作品をクリエイター奨励プログラムに登録する行為

[具体例]
・市販の映像ソフト(DVDソフト等)の映像や画像を無断で登録した
・市販の音楽ソフト(CD等)を無断で登録した
・テレビ番組を録画して無断で登録した
・ゲームのプレイ映像を無断で登録した
・ブログや他のサイトで他人がアップロードしていた作品を無断で登録した
・他人のライブ演奏や出し物の模様をビデオで撮影し無断で登録した
・他人の顔や姿を無許可で撮影した映像や画像を登録した
・他人の個人情報を含んだ作品を登録した
・他人の私生活を暴露するなどのプライバシー侵害につながるような内容を
　含んだ映像を登録した
・個人の人格・名誉・声望等を傷つける内容を含んだ作品を登録した

だそうなので、私のゲームソフトはとりあえず弾かれると
前の記事に書いた根拠はこのへんから来ています。

私からするとそれで納得がいっているので、
「いや、俺はマリオとかポケモンで１万ポイント貰ってるぜ」って人がいたら
むしろ動画教えて欲しいくらいです。
ただ、これだけ言っておくと、割りと審査は適当っぽいです。
ゲームじゃない動画の中にちょろっとだけゲームの映像が挟まってるとか、
著作権的にまずそうなBGMを動画内の一部で使ってるくらいなら通るようです。
だって私のマイクラ動画、BGMがおもっきりポケダンだけど通ってるもん。

過去に「クリ奨は運営が勝手に払ってるお金で別に広告ついてるわけでもないから
営利利用には当たらないんだよ」って記事だか規約だか読んだ気がしますが
この辺で言い訳してるっぽいです。なるほど。
じゃ今後広告付いてそこからクリ奨に払うのならどうするんでしょうか……

コンテンツツリーの件ですが、これに関しては前に書いた記事の方が詳しいので
ここには書きません。重ねていうなら、コンテンツツリー登録してある＝クリ奨OKでは
ないのでダメだったとしても文句言っちゃいかんよってくらいですか。
あと、コンテンツツリーに登録されている＝クリ奨に登録しているではないので、
「この実況動画コンテンツツリー登録してるからクリ奨やってるのか！」は違います。
クリ奨に登録しているか否かは動画を投稿した本人以外分かりません。
調べる方法も無いですし、コンテンツツリーを利用したポイントの分配方法があるよ！
っていうだけの話なので、そこ勘違いして人の悪口言ったりしないように。
ていうか、クリ奨登録せずコンテンツツリーを使ってる人の方が圧倒的に多いです。

以上、今回も簡単にまとめると、
・獲得ポイントが低い動画はまとめて無審査ですべて通してしまっている説。
・獲得ポイントが高い動画の審査は厳しめ。マジで。
・審査自体はけっこうユルユル。広告が付いて基準変わったりするかどうか微妙。

海外のゲームはそこそこマネタイズ許可してるものがあるので、ニコニコ内で
「このゲームはOK」みたいなガイドラインがあって、それに基づいて審査してる
可能性もあり、マインクラフトとかは恐らくそれに載ってるので黙って申請しても通ります。
逆にいうとそのガイドラインに載ってないゲームは仮にマネタイズ許可されているゲームでも
知らんがなって感じで弾いている、と私は予想しています。

以上、書いてきましたがすべてゲームプレイ動画（実況含む）での考察です。
今後もし間違いや審査基準変わった？と感じたことがあって記事書けそうなくらいになったら
続き書くこともあるかもしれません。

この記事を参考にクリ奨登録する人が増えたら幸いです。
いや、増えたら私の取り分が減るからやっぱり登録しないで下さい。